Antes de dar baixa em um CNPJ de MEI é preciso regularizar não só a situação de pagamento de contribuições tributárias do microempreendedor individual mas, também, do empregado registrado. O afastamento do funcionário do MEI deve ser caracterizado em seus documentos como demissão e ocorrer conforme o que prevê a legislação trabalhista, com o acerto devido, a entrega do FGTS e das guias pagas do INSS, bem como o pagamento de horas extras e outros encargos que estejam ainda em aberto, como adicional noturno, periculosidade, insalubridade e outros. Os eventos devem ser registrados no E-social.